Η περιοχή ευθύνης του ΦΔΕΔ Παρνασσού εμπίπτει εντός των χωρικών ορίων τριών Νομών , των Νομών Βοιωτίας, Φωκίδας και Φθιώτιδας, και τεσσάρων Δήμων, των Δήμων Λεβαδέων, Αμφίκλειας-Ελάτειας, Δελφών-Αμφίσσης, Διστόμου-Αράχωβας-Αντίκυρας. Η ανθρώπινη παρουσία στην περιοχή είναι ιδιαίτερα σημαντική και χρονολογείται από τα μισά της δεύτερης χιλιετίας π.Χ. Σήμερα στην ευρύτερη περιοχή υπάρχουν 18 οικισμοί, οι κάτοικοι των οποίων δραστηριοποιούνται στους τομείς της γεωργίας, της κτηνοτροφίας, της μεταποίησης, της εξόρυξης μεταλλευμάτων και του τουρισμού.
Ο Παρνασσός είναι ένα βουνό με εντυπωσιακές ορθοπλαγιές και βραχώδεις εκτάσεις, του οποίου το μεγαλύτερο τμήμα (76,6 %)καταλαμβάνουν οι σκληροί ασβεστόλιθοι. Λόγω της επικράτησης του ασβεστόλιθου, το καρστ του Παρνασσού είναι ιδιαίτερα εντυπωσιακό και κάποιοι καρστικοί σχηματισμοί, όπως η Καταβόθρα της Λιλαίας και το Κωρύκειο Άντρο, είναι γνωστοί σε εθνικό επίπεδο.
Με μέσο ετήσιο ύψος ατμοσφαιρικών κατακρημνισμάτων στα 1468,2 mm σε υψόμετρο 1300 μέτρων, το κλίμα της περιοχής χαρακτηρίζεται υγρό: οι χειμώνες είναι κυρίως δριμείς με μεγάλη διάρκεια, ενώ τα καλοκαίρια δροσερά με τη θερινή περίοδο να περιορίζεται σημαντικά ή να εξαφανίζεται. Παρά ωστόσο την ένταση των βροχοπτώσεων, η επιφανειακή απορροή είναι μικρή, ως συνέπεια μάλλον της επικράτησης του υδατοπερατού ασβεστόλιθου. Από την άλλη όμως, πιστεύεται ότι η υπόγεια υδρολογία της περιοχής είναι ιδιαίτερα σημαντική, πράγμα που δικαιολογεί το μεγάλο αριθμό πηγών.
Ο Παρνασσός είναι ένα σύνθετο οικοσύστημα, το οποίο διαθέτει μια μεγάλη ποικιλία τοπίων και βιοτόπων, με απόρροια να φιλοξενεί μια πλούσια όσο και σπάνια βιοποικιλότητα. Η προστατευόμενη περιοχή χαρακτηρίζεται από μεγάλο αριθμό φυτικών taxa, ιδιαίτερης επιστημονικής σημασίας και σπουδαιότητας. Συνολικά έχουν αναφερθεί στην περιοχή 854 taxa, από τα οποία τα 6 (Centaurea musarum, Hieracium gaudryi, Eryssimum parnassi, Euphorbia orphanidis, Bupleurum capillare, Campanula ripicula) είναι ενδημικά του Παρνασσού. Παράλληλα, στην περιοχή υπάρχει μεγάλος αριθμός στενοενδημικών ειδών (ενδημικά της Στερεάς Ελλάδας, της Ελλάδας κτλ), ενώ αρκετά είδη της περιοχής κατατάσσονται σε διάφορες κατηγορίες επικινδυνότητας σύμφωνα με WCMC, Π.Δ.67/1981, UNEP, R.D.B. και της Σύμβασης Βέρνης.
Όσον αφορά στη βλάστησης της περιοχής, αυτή διακρίνεται εμφανώς σε τρεις ζώνες και συγκεκριμένα στις εξής:
α. τη χαμηλή βλάστηση, η οποία βρίσκεται πάνω από τα δασοόρια και επεκτείνεται μέχρι την κορυφή του βουνού (Λιάκουρα 2.457 μ) και συγκροτείται από θαμνώδη, φρυγανώδη και ποώδη είδη.
β. τη δενδρώδη βλάστηση, η οποία περιλαμβάνει τα δάση της κεφαλληνιακής ελάτης (Abies cephalonica,) της μαύρης πεύκης (Pinus nigra) και των φυλλοβόλων δρυών. Η ζώνη αυτή εντοπίζεται σε υψόμετρο μεταξύ 600-1800 μ. και
γ. τη θαμνώδη βλάστηση, η οποία περιλαμβάνει τους φυτικούς σχηματισμούς, κυρίως κάτω από την προηγούμενη μονάδα και μέχρι τους πρόποδες του Παρνασσού. Χαρακτηριστικά είδη αυτής της ζώνης είναι το πουρνάρι (Quercus coccifera), η αριά (Quercus ilex) και ο σχίνος (Pistaccia lentiscus) (ΕΠΜ, 1996[1]).
Η πανίδα της περιοχής είναι επίσης σημαντική. Στην περιοχή έχουν καταγραφεί 5 είδη θηλαστικών, 2 είδη αμφιβίων, 2 είδη ερπετών και 2 είδη ασπονδύλων, τα οποία αναφέρονται στο Παράρτημα ΙΙ της Οδηγίας 92/43, 38 είδη πτηνών που περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της Οδηγίας 79/409, καθώς και 68 επιπλέον είδη πτηνών που προστατεύονται από Διεθνείς Συμβάσεις. Επιπλέον, τουλάχιστον 7 είδη θηλαστικών προστατεύονται από την ελληνική νομοθεσία, ενώ αρκετά είδη σπονδυλόζωων περιλαμβάνονται στο Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας.
Ακόμα, άλλες προστατευόμενες περιοχές που έχουν θεσμοθετηθεί και οριοθετηθεί εντός της περιοχής ευθύνης του φορέα είναι οι εξής:
- Αισθητικό Δάσος «Περιαστικό Δάσος Τιθορέας», έκτασης 200 εκταρίων, (ΠΔ ΦΕΚ 125/Δ/1979),
- Καταφύγιο Άγριας Ζωής «Ασπρόχωμα – Ψιλό – Προντόλη – Κελάρι (Αράχωβας)», έκτασης 4.670,3 εκταρίων, (ΦΕΚ 1043/Β/1976)
- Εκτροφείο Θηραμάτων «Αμφίκλειας» (κρατικό), έκτασης 250 εκταρίων, (ΦΕΚ 406/Β/76)
Τέλος, πέραν της φυσικής – οικολογικής του αξίας, ο Παρνασσός είναι ένας τόπος με εξαιρετικά μεγάλη πολιτιστική – ιστορική κληρονομιά, μια και σε αυτόν εντοπίζονται το Ιερό του Απόλλωνα και το Μαντείο των Δελφών, το διασημότερο και μακροβιότερο μαντείο της Αρχαίας Ελλάδας. Βέβαια, η μεγάλη πολιτιστική-ιστορική αξία της περιοχής ενισχύεται περαιτέρω από τα πολυάριθμα μνημεία, αρχαία και νεότερα, και την πλούσια ιστορία, με την οποία συνδέεται η περιοχή.